K používání a měření webu využíváme cookies. Používáním tohoto webu souhlasíte se způsobem, jakým s cookies nakládáme. Další informace

Kolokalizační studie – virové receptory

Konfokální mikroskopie umožňuje rychlé a velice kvalitní snímání ve vysokém rozlišení. Získaná data ve formě optických řezů je nutné rekonstruovat a následně analyzovat. Kolokalizační studie (3D colocalization) je spolehlivá metoda, která odhalí strukturní vztahy mezi zobrazovanými objekty.

Máte zájem o tuto aplikaci? Potřebujete radu?
Kontaktujte nás

V laboratoři Dr. Xaviera Forns (IDIBAPS&NIH) se věnují výzkumu kinetiky viru Hepatitis C pro lepší porozumění průběhu opakované infekce tímto virem po transplantaci jater. Hlavním bodem zájmu bylo porovnání exprese receptoru viru Hepatitis C s celkovou kinetikou infekce.

Fixované biopsie infikovaných jater byly nasnímány konfokálním mikroskopem. Pro 3D vizualizaci a analýzu obrazu byl použit software Imaris. Kolokalizační studie (3D colocalization) byla zaměřena na receptory a těsné spoje (tight junctions), které mohou mít vliv na mechanismus vstupování viru do jater.

Tato studie společně s dalšími výsledky ukázala, že množství receptoru viru Hepatitis C v čase transplantace jater reguluje počáteční kinetiku viru. Opakovaná infekce virem Hepatitis C po transplantaci je přímo spojena s množstvím těsných spojů v membránách jaterních buněk.

Obrázek 1.: (vpravo) Membrána jaterních buněk (3D vizualizace Imaris) – kolokalizace proteinů tvořících těsné spoje, claudin – 1 (zelená) a occludin (červená). Jádra (modrá).

Software Imaris s modulem Coloc nabízí velice intuitivní a flexibilní nastavení pro kolokalizační analýzu (3D colocalization):

  • Manuální nebo automatické nastavení práhu citlivosti (threshold)
  • Intuitivní 2D histogram s intenzitami všech voxelů
  • Statistické údaje v reálném čase (Pearson, Mander, % volume/ROI)
  • Kolokalizační studie snímků dynamických událostí (timelapse)
  • Vytvoření nového kanálu pro prezentaci dat

Podrobnější informace o kolokalizačních algoritmech, které jsou použity v modulu Coloc najdete ve vědeckém článku – Costes et al., „Automatic and Quantitative Measurement of Protein-Protein Colocalization in Live Cells.“

Webináře

„3-D colocalization study of viral kinetics.“ Accessed July 28, 2017 http://www.bitplane.com/learning/3-d-colocalization-study-of-viral-kinetics-hepatology.

Produkty pro Kolokalizační studie – virové receptory

Imaris

Imaris

Software pro 3D vizualizaci a intuitivní analýzu objemných obrazových dat

KONTAKTNÍ FORMULÁŘ