K používání a měření webu využíváme cookies. Používáním tohoto webu souhlasíte se způsobem, jakým s cookies nakládáme. Další informace

AutoQuant

AutoQuant je uživatelsky velmi přívětivý software pro dekonvoluci obrazových dat (deconvolution) získaných při fluorescenční mikroskopii. Sofistikované dekonvoluční algoritmy lze aplikovat na 2D a 3D data získaná z různých druhů mikroskopie; od klasických epifluorescenčních mikroskopů, přes konfokální mikroskopy až po systémy na bázi „SPIM“ technologie.

Klíčové vlastnosti

  • Intuitivní a přímočarý postup s automatickou kontrolou přesnosti metadat
  • Flexibilita výběru různých algoritmů pro konkrétní aplikace
  • Možnost nastavení parametrů rozptylové funkce (PSF – Point Spread Function)
  • Velmi sofistikované algoritmy pro tzv. „slepou dekonvoluci(blind deconvolution)
  • Kompatibilní s více než 20 formáty dat z akvizičních a analytických softwarů
  • Online podpora, tutoriály a webináře, návody na konkrétní aplikace

Dekonvoluce je ideální nástroj pro úpravu dat z fluorescenčního mikroskopu (wide-field) při snímání živých buněk (live cell imaging) – takto lze docílit nízké fototoxicity a získat data o vysokém rozlišení. Pro výpočty je možné použít parametry PSF (Point spread function) změřené experimentálně, anebo metodu „blind deconvolution“, kde parametry PSF není nutno zadávat.

Máte zájem o AutoQuant
Potřebujete radu?

KONTAKTUJTE NÁS

Základy dekonvoluce

Při zobrazování pomocí systémů založených na principech optické mikroskopie dochází k nepřesnostem, které mají vliv na výslednou podobu nasnímaných obrazových dat. Tento jev se nazývá konvoluce a je zodpovědný za výsledné rozdíly v dimenzích získané informace oproti reálným rozměrům zkoumaného objektu.

Sofistikované matematické procesy (dekonvoluční algoritmy – deconvolution) aplikované na získaná data dokáží tyto nepřesnosti redukovat a tímto poskytnout dokonalejší informace, proto je dekonvoluce velmi důležitou součástí zpracování dat z mikroskopie (Image analysis – Imaris).

Dekonvoluce v AutoQuant

V prvním kroku při aplikaci dekonvoluce nabízí software AutoQuant jednak použití tzv. fixní rozptylové funkce (PSF – point spread function), která se v průběhu zpracování nemění, anebo použití sofistikované adaptivní metody – tzv. slepé dekonvoluce (blind deconvolution). Tato metoda umožňuje krokově uplatňovat odlišné parametry PSF funkce pro dosažení těch nejlepších výsledků.

Ve druhém kroku AutoQuant provádí výše zmíněné procesy buď s experimentálně změřenou rozptylovou funkcí (EXPERIMENTAL PSF), anebo s teoretickými rozměry (THEORETICAL PSF), které jsou vypočítané na základě optických parametrů zobrazovacího systému a vzorku.

Webinář

Aplikace spojené s produktem:

Máte zájem o AutoQuant? Potřebujete radu?

Pomůže Vám specialita sekce Petr Kolář , případně využijte naše další kontakty.

KONTAKTNÍ FORMULÁŘ