Biologické (laboratorní) mikroskopy jsou určeny především pro každodenní práci při náročných aplikacích v laboratořích, na klinikách, univerzitách či jiných vědeckých institucích vyžadujících kvalitní optický výkon. Pro zobrazování preparátů využívají procházející světlo, výsledný obraz je jasný a ostrý s kvalitním zpracováním a technickými parametry. Biologické mikroskopy jsou vhodné spíše pro časově nenáročné analýzy, využití nachází především v laboratořích různých lékařských institucí pro klinické výzkumy (biochemie, cytologie, hematologie, dermatologie aj.)
Díky velkému množství přídavných doplňků s nimi lze provádět různé kontrastní metody – fázový kontrast, polarizaci nebo zobrazování v jasném i temném poli, kterého se využívá při pozorování transparentních objektů, které nejsou při běžné metodě jasného pole viditelné.