Software pro 3D vizualizaci a analýzu objemných obrazových dat

Software pro zpracování obrazových dat

V říjnu 2019 jsme pomohli rozšířit softwarové vybavení servisní laboratoře Zobrazovacích metod na BIOCEV a to díky dodání floating licence softwaru Imaris pro buněčné biology, která umožňuje komplexní analýzu a 3D/4D rekonstrukci obrazových dat získaných převážně z fluorescenčních mikroskopů.

Licence je provozována na dedikované, vysoce výkonné pracovní stanici, která svými parametry umožňuje práci s velkými datovými sadami (>50 GB).

Licence Imaris pro buněčné biology poskytuje pokročilé nástroje a funkce pro segmentaci buněk, studium intracelulárních vztahů, automatizovaný tracking částic, detekci a tvorbu interaktivních schémat rodových linií, ve kterých lze pozorovat buněčný vývoj od jedné původní buňky, až do finálních stádií buněčného dělení a mnoho dalších.

Parametry zařízení

Plná licence softwaru Imaris pro buněčné biology (Imaris for Cell Biologists) obsahuje tyto moduly:

• Imaris Core – základní modul pro automatické čtení konfigurace systému (metadat), na kterém byla data pořízena, umožňuje manipulaci s velkým objemem dat (až 1 TB), jejich 3D rekonstrukci a následné zobrazení. Díky modulu Imaris Core lze konvertovat a procesovat mikroskopická data více než 35 různých formátů - schopnost konverze většiny formátů na speciální formát podporovaný v Imarisu (*.ims) zajišťuje stand-alone aplikace Imaris File Converter, která je součástí každé Imaris licence
• Imaris MeasurementPro – modul pro měření kvantitativních parametrů, jako je vzdálenost nebo úhly mezi segmentovanými 3D objekty
• Imaris Cell – modul zajišťující segmentaci objemu buněk, jádra a vezikul, je vhodný pro studium intracelulárních vztahů, měření mechanických a strukturálních buněčných funkcí
• Imaris TrackLineage - modul pro analýzu pohybu objektů, tedy pro trasování buněk. Tento modul je skvělým nástrojem pro zpracování time-lapse snímků zachycených při live cell imaging
• Imaris Vantage - modul pro tvorbu grafů zajišťující interaktivní interpretaci výsledků a porovnání volitelných statistických údajů
• Imaris Coloc - modul pro kolokalizační analýzu, kde je míra kolokalizace určena pomocí Pearsonova korelačního koeficientu nebo Mandersova koeficientu
• Imaris XT – modul pro rozšíření možnosti analýzy obrazu a integraci nových algoritmů do softwaru Imaris, podporované jsou běžné programovací jazyky: MATLAB, Python a Java