Barviva, která jsou schopná po osvícení excitačním paprskem určité vlnové délky absorbovat energii tohoto záření a prakticky hned emitovat záření o delší vlnové délce (fluoreskovat).
Fluoroforem bývají nejčastěji malé molekuly organických sloučenin s aromatickým jádrem, případně i celé proteiny – nejznámější je tzv. GFP (Green Fluorescent Protein). GFP je specifický tím, že po expozici modrým světlem fluoreskuje zeleně.
Významné využití mají fluorofory např. v průtokové cytometrii (flow sorting) pro rychlou a efektivní separaci buněk a částic, konkrétně GFP slouží jako reportérový gen pro vizualizaci exprese proteinů, 3D tracking či kolokalizaci různých proteinů.