Foto – chemická změna molekuly fluoroforu, která permanentně omezí schopnost fluorescence. Kovalentní vazby nebo vazebné interakce mezi fluoroforem a molekulou (nosičem) jsou přerušeny energií z dopadajících fotonů. Tento jev se stává problémem při opakovaném snímání živých vzorků. Omezení bleachingu dosáhneme při použití vysoce citlivých kamer (např. EM CCD) a nízkých intenzit excitačního záření. Existují různé metody, které tohoto jevu využívají pro studium pohybu a difuze molekul – FRAP, FLIP.