Pojmem 3D vizualizace (3D visualisation) je myšleno zobrazování dvourozměrných objemných dat (>50GB) získaných mikroskopickými metodami (především fluorescenční mikroskopií) ve všech třech rozměrech (x, y, z) pomocí vhodného analytického softwaru. K vizualizaci 3D (resp. 4D) obrazů se využívá špičkových algoritmů vykreslujících objem analyzovaných objektů. Software pro 3D vizualizaci umožňuje: