Imaris

Imaris umožňuje provádět komplexní analýzu a 3D vizualizaci Pojmem 3D vizualizace (3D visualisation) je myšleno zobrazování dvourozměrných objemných dat (>50GB) získaných mikroskopickými metodami (především fluorescenční mikroskopií) ve všech třech rozměrech (x, y, z) pomocí vhodného analytického softwaru.
zobrazit ve slovníku obrazových dat získaných převážně z fluorescenčních mikroskopů. Tento software umožňuje také vkládání a kombinace dvou a více datových sad, což je velmi výhodné pro kombinaci fluorescenční a elektronové mikroskopie. Imaris obsahuje nástroje např. pro tvoření snímků (snapshot), kolokalizaci (colocalization), trasování ( 3D Tracking, neboli trasování (částic, objektů, aj.), je proces, který spojuje objekty v po sobě jdoucích časových bodech a integruje je do jednoho objektu pohybujícího se prostorem a časem. 3D tracking, jakožto jedna z funkcí analytického softwaru Imaris (konkrétně modulu ImarisTrack), je špičkovým vědeckým řešením pro studium vysoce dynamických procesů, které jsou součástí intracelulárního a extracelulárního chodu v buňkách a buněčných organelách.
zobrazit ve slovníku ) a mnoho dalších. Optimální využití výkonnosti pracovní stanice, práce s paralelizací výpočtů na grafické kartě a formát *.ims usnadňují manipulaci s velkými datovými sadami (až 1TB), jak při 3D vizualizaci, tak při analýze. IMARIS nabízí řadu funkcí pro pohodlnější manipulaci s tímto analytickým softwarem a hladší pracovní postup při vizualizaci mikroskopických dat. Pokročilé nástroje umožňují hlubší vhled na dynamiku a strukturu analyzovaných objektů, možnost rychlého měření vzdálenosti buněk od dané tkáně a určení jejich distribuce, rozšířené možnosti timelapse analýzy a měření dynamiky procesů v detekovaných objektech (změny buněčné motility a morfologie, exprese proteinu atd.),

Klíčové vlastnosti

  • Uživatelsky přívětivé rozhraní a intuitivní analýza
  • Moduly přizpůsobené konkrétním aplikacím
  • Rychlé zobrazování povrchu/objemu (3D vizualizace)
  • Manipulace s datovými sadami o velikosti Terabajtů
  • Kompatibilní s Matlab, Python, ImageJ/FIJI
  • Online podpora, tutoriály a webináře, návody na konkrétní aplikace

Imaris umožňuje organizaci dat ve strukturované databázi (Arena) s jedinečnou funkcí modulu "Batch" – aplikace konkrétního analytického protokolu na různé skupiny dat zároveň. Samozřejmostí je rychlé zobrazování dat ve 2D/3D/4D o velikosti stovek GB (3D vizualizace – Surpass). Získané statistické údaje lze mezi sebou porovnávat, jejich rozdíly vynést do grafů a současně testovat konkrétní hypotézy (Vantage).

Blanka Schusterová
Odborný poradce

Ing. Blanka Schusterová

+420 725 945 076

schusterova@optixs.cz

Zaslat poptávku

OptiXs care

  • Odborně zkonzultujeme vaši plánovanou aplikaci
  • Náš tým je schopen produkt integrovat i do většího systému
  • Zajistíme rychlé dodání náhradních dílů a lokální servis
S čím dalším můžeme pomoci

Aplikace

Kvantitativní 3D prostorová analýza tkání kostní dřeně

Kvantitativní 3D prostorová analýza tkání kostní dřeně

Vizualizace buněk a buněčných struktur v trojrozměrné podobě sebou přináší větší nároky na zpracování obrazu než v příp..

Analýza filament - 3D morfologie neuronů

Analýza filament - 3D morfologie neuronů

Anatomie neuronální sítě umožňuje správné fungování mozku. Konfokální mikroskopie a následná analýza nasnímaných dat je ..

Konfokální mikroskopie rostlinných vzorků

Konfokální mikroskopie rostlinných vzorků

Spinning disk konfokální mikroskop Andor Dragonfly je perfektní pro rostlinné biology. Multi modální koncept umožňuje sn..

Mikroskopie živých buněk – předpoklady

Mikroskopie živých buněk – předpoklady

Live cell imaging: progresivní metoda v buněčné biologii zaměřená na výzkum živých buněčných struktur a jejich interakcí..

Kolokalizační studie – virové receptory

Kolokalizační studie – virové receptory

Konfokální mikroskopie umožňuje rychlé a velice kvalitní snímání ve vysokém rozlišení. Získaná data ve formě optických ř..

SPIM – Mikroskop pro kutily

SPIM – Mikroskop pro kutily

Light sheet mikroskopie se stala velice populární pro snímání živých buněk a organizmů díky své rychlosti snímání a nízk..

SDCM – Lokalizace RNA metodou FISH

SDCM – Lokalizace RNA metodou FISH

Tisíce in situ hybridizačních experimentů je nutné rychle a kvalitně analyzovat pomocí technologie SD konfokální mikrosk..

SDCM – Mikroskopie organoidů

SDCM – Mikroskopie organoidů

Organoidy, neboli komplexní struktury buněčných kultur, jsou vhodným adeptem pro pozorování in vivo biologických procesů..

Konfokální mikroskopie SDCM ve srovnání s alternativami

Konfokální mikroskopie SDCM ve srovnání s alternativami

Konfokální mikroskopie je založena na potlačení signálu pocházejícího mimo ohniskovou rovinu. Typy konfokálních mikrosko..

Parametry

Software Imaris dokáže pracovat s většinou používaných datových formátů.

Imaris formát souboru *.ims
Kompatibilita (formát souboru) *.tif, *.tiff, *.xml, *.h5, *.r3d, *.dv, *.ipl, *.kinetic, *.cxd, *.lif, *.stk, *.ics, *.nd2, *.oib, *.vsi, *.zvi, *.czi, a mnoho dalších
Operační systém MS Windows, MAC OS, MAC OS X

Příslušenství

Pro analýzu obrazových dat obsahuje Imaris mnoho speciálních modulů, které jsou přizpůsobené konkrétním aplikacím. Všechny dostupné analytické nástroje jsou reprezentovány jednoduchým průvodcem, který obsahuje více kroků pro specifikaci požadovaného úkonu.

Dekonvoluční modul

K dekonvoluci slouží modul ClearView GPU Deconvolution - dekonvoluční algoritmy pro různé mikroskopické metody (spinning disk konfokální mikroskopie, TIRF, widefield fluorescence, brightfield, laserová skenovací konfokální mikroskopie) jsou integrované přímo do softwaru Imaris. Podporovanými GPU režimy zpracování jsou CUDA a OpenCL. Pro spuštění dekonvoluce je vyžadován update ovladačů grafických karet. NVIDIA karty s drivery 411.31 a novější využívají k zpracování CUDA, všechny AMD karty a NVIDIA se staršími drivery využívájí OpenCL. Počítače Mac s operačním systémem MAC OS 10.14 budou používat pouze OpenCL, i přes přítomnost  NVIDIA karty, jelikož pro MAC OS 10.14 dosud neexistuje podporovaný ovladač této grafické karty. Starší pracovní stanice nebo grafické karty nemusí dekonvoluci vůbec podporovat. Místo toho lze využít CPU Deconvolution.

Seznam testovaných GPU a podrobnější informace o doporučených konfigurací pracovních stanic pro práci se softwarem Imaris a spuštění dekonvoluční analýzy naleznete zde.

Následuje kompletní seznam dostupných modulů pro software Imaris:

MeasurementPro 

"Rychle a jednoduše analyzuje extrémně velké a složité mikroskopické snímky"

Imaris modul MeasurementPro

Nástroj pro základní analýzu obrazu, který je součástí jádra Imaris a doplňuje software o možnost měření geometrie objektů a jejich intenzity.

  • Interaktivní a rychlé zobrazování obrovských povrchů a milionů bodových objektů
  • Analýza povrchů a bodových objektů v rámci objemných datových sad
  • Klasifikace a značení povrchů a bodových objektů s využitím Machine Learning klasifikátoru nebo interaktivních filtrů
  • Report a srovnání parametrů na základě detekovaných tříd
  • Měření tvarů a intenzity na základě jednotlivých kanálů ve 3D/4D
  • Statistické údaje
  • Výpočet vzdálenosti a překryvu mezi jednotlivými objekty
  • Měření přitažlivosti a repulze detekovaných objektů v porovnání s náhodnou distribucí
  • Vytváření a měření 3D objektů na základě 2D kontur

ImarisCell

"Vysvětluje vztahy mezi buňkami"

Imaris modul Cell

Komplexní analýza skupin buněk i jednotlivých buněk a jejich komponent na buněčné bázi. Analýza obrazových dat zachycujících buněčné kultury, poskytující statistické výstupy kategorizované podle základů buněčné morfologie.

  • Analýza vztahů mezi buňkami a jejich organelami
  • Měření mechanických a strukturálních buněčných funkcí (cell-to-cell communication)
  • Detekce buněk na základě obarvení cytoplazmatické nebo plazmatické membrány
  • Využití intuitivních jednotek na bázi buněčné morfologie (jádra, vezikuly, membrány)
  • Detekce a klasifikace několika populací vezikulárních objektů
  • Studium chování buněk (ve 2D/3D/4D)
  • Intuitivní, strukturovaný, pokročilý průvodce jednotlivými kroky analýzy 

ImarisColoc

"Izoluje, vizualizuje a kvantifikuje kolokalizované oblasti"

ImarisColoc

Kolokalizační analýza. Základní nástroj pro určení dotykových ploch a míst překrytí signálů z různých barevných kanálů (colocalization).

  • Míra kolokalizace
  • Výběr různých kolokalizačních metod (včetně automatického režimu založeného na zavedených algoritmech)
  • Zisk statistických údajů v reálném čase
  • Data po kolokalizaci prezentována jako nový barevný kanál (3D nebo 4D)
  • Možnost rozšíření nebo zúžení vypočítané oblasti histogramu
  • Provedení kolokalizační analýzy na konkrétních ROIs
  • Kolokalizace celé časové řady v méně krocích

ImarisTrackLineage

"Sleduje pohyb objektů a detekuje buněčné dělení"

Imaris modul Track

Analýza pohybu objektů. Mapování buněčné diferenciace. Skvělý nástroj pro 3D a 4D tracking objektů a zpracování časosběrných snímků (time-lapse) zachycujících průběh biologických procesů (live cell imaging) od jedné původní buňky (progenitor cell) až do finálních stádií buněčného dělení.

  • Automatické trasování objektů ve 2D, 3D + v čase
  • Automatická detekce buněčného dělení
  • Výběr z několika specifických trackovacích algoritmů pro různé druhy pohybu
  • Rychlé zpracování tisíce objektů v jednom časovém bodě, rychlé zpracování tisíce časových bodů
  • Interaktivní vytváření a úprava tracků a sledovaných objektů
  • Analýza rychlosti, tvaru, intensity, velikosti a dalších parametrů
  • Určení doby buněčného cyklu a generace, vizualizace rodokmenu buněčných populací
  • Automatická korekce translačního a rotačního driftu s využitím funkce Reference Frame
  • Analýza velmi dlouhých časových experimentů - time lapse

FilamentTracer

"Vizualizuje a analyzuje neurony a jiné filamentární struktury ve 3D"

Imaris modul Tracer

Detekce, 3D vizualizace, tracking a analýza filament. Analytický nástroj zaměřený především na neurobiologická data, s možností aplikace algoritmů na různé filamentární struktury.

  • Detekce a sledování filamentárních struktur (dendrity, cytoskelet, kanalikuly,...)
  • Algoritmy pro automatickou analýzu a interaktivní 3D trackovací metody (Wizard Guided Automatic nebo AutoPath a AutoDepth metody)
  • Automatická detekce a určení morfologických charakteristik dendritických trnů
  • Usnadnění trasování v hustých neuronálních sítích pomocí nástroje Imaris Torch
  • Určení statistických údajů - délka větvení, průměr, plocha, objem, hustota dendritických trnů, topologie vlákna aj.
  • Přímá interakce s celým filamentem, individuálními větvemi, segmenty nebo konkrétními body
  • Možnost 3D vizualizace filamentární struktury a dendritických trnů (rozlišení např. barevně, velikostně) spolu s jinými, nefilamentárními objekty
  • Sledování a detekce změn tvaru a polohy v průběhu času (v kombinaci s Imaris TrackLineage)
  • Možnost manuálního zpracování či manuální finální úpravy

ImarisVantage

"Vytvořen pro interpretaci vědeckých objevů"

Imaris modul Vantage

Možnost sofistikované prezentace získaných dat a interpretace výsledků pomocí interaktivních vícerozměrných grafů porovnávajících volitelné statistické údaje.

  • Grafické zobrazení dat – 1D/2D/3D/4D (1 parametr: side-by-side plot, bodové diagramy pro 2 parametry, object gallery view & scatterplots, Box a Whisker Plots, 5-Number summary)
  • Srovnání dvou a více skupin dat (kontrolní a testovací skupiny), porovnání tříd mezi sebou
  • Použití vypočítaných parametrů k určení rozměrů objektů, barevného kódování a škálování
  • Zisk výsledků: Wilcoxon, T-test, F-test a Kolmogorov-Smirnov a export těchto výsledků pro další statistické analýzy
  • Statistické výpočty, rozpoznání trendů a odchylek
  • Tvorba grafů prostorových interakcí objektů a časových diagramů událostí

ImarisBatch

"Nástroj pro ultimátní zvýšení produktivity Imaris"

Imaris modul Batch

Simultánní zpracování a analýza dat ("v jedné dávce"). Úspora času při zpracování a analýze obrazu díky automatickému aplikování definovaného protokolu na velkou skupinu 2D/3D + časových snímků.

  • Reprodukce přesných analytických postupů
  • Interaktivní vytvoření univerzálního protokolu pro hromadnou analýzu "n" snímků
  • Aplikace protokolu na různé obrazové datové sady zároveň
  • Bezproblémová integrace do pracovního postupu v Imaris včetně Machine Learning klasifikace
  • Sjednocený pipeline zpracování obrazu
  • Možnost srovnání statistických údajů v modulu Vantage

ImarisXT

"Rozšiřuje obzory a možnosti analýzy v Imaris"

Imaris modul XT

Uživatelské rozšíření možností analýzy obrazu pomocí běžných programovacích jazyků. ImarisXT je rozhraní pro programování aplikací, které umožňuje přidat do Imaris vlastní funkce a vyměňovat data mezi Imaris a Matlab/Java/Pythonem dvěma způsoby.

  • Customizace analýzy v Imaris
  • Možnost přidání vlastních funkcí do Imaris
  • Rozšíření základních funkcí Imaris díky přidání vlastního pluginu uživatele
  • Kompatibilita s Matlab/Java/Python/ImageJ/FIJI
  • Veřejná internetová platforma pro sdílení uživatelských rozšíření – Imaris Open
  • Rozšíření možností pro velké množství aplikací včetně super-rezoluce, trackování buněk, trasování filament, detekce objektů GPU dekonvoluce, batch analýzy, kolokalizace aj.
  • Vývoj vlastních algoritmů pro zpracování a segmentaci obrazu
  • Vytvořeno členy "ImarisXT Developer Program"
  • Zdarma ke stažení více než 70 XTenstions

Referenční projekty

Dokumenty

Imaris 97 Flyer

Imaris brožura

Poptat produkt

Máte zájem o produkt? Zašlete nám své požadavky skrze poptávkový formulář nebo využijte přímý kontakt na odborného poradce. Rádi zodpovíme vaše dotazy a navrhneme řešení dle vašich potřeb.

Odborný poradce

Blanka Schusterová

Ing. Blanka Schusterová

Loading…
Loading the web debug toolbar…
Attempt #