Moderní mikroskopy produkují extrémně velké množství informací, které je nutné analyzovat. Teprve vhodně zvolenou analýzou lze získat užitečná kvantitativní data, která mohou poukázat na určité vlastnosti zkoumaného objektu. Před samotnou analýzou je vhodné použít dekonvoluční algoritmy, které zaručí větší správnost získaných informací tím, že částečně odstraní chybu optické soustavy promítnutou na zobrazený objekt.