Projekt DOT (Dresden Ovary Table, Tomancak lab/MPI-CBG Dresden) mapuje lokalizace RNA během oogeneze u octomilky (Drosophila). Hlavní metodou tohoto výzkumného projektu je tzv. FISH (Fluorescence in situ hybridization). Tato metoda umožňuje vizualizaci specifických molekul, které jsou komplementární k použitému fluoroforu. V případě projektu DOT jsou to molekuly mRNA, které poskytují informaci o genové expresi v různých vývojových fázích octomilky (Jambor et al., 2016).
Databáze DOT obsahuje data z více než 8000 in situ hybridizačních experimentů. Pro analýzu a 3D vizualizaci těchto experimentů byl použit konfokální mikroskop Revolution DSD2 od firmy Andor. Databáze obsahuje 32 000 3D snímků, odhalujících lokalizace více než 1700 genů ve vaječnících octomilky ve všech fázích oogeneze. Studie vyžadující nasnímání takového množství 3D snímků lze realizovat pouze díky vysoké rychlosti a kvalitě snímání, kterou umožňuje technologie SD konfokální mikroskopie (spinning disc confocal microscopy) ve spojení s extrémně rychlými sCMOS kamerami (Andor Zyla).
Obrázek 1.: Ukázkové vzory genové exprese
Hlavní přednosti aktuálního konfokálního mikroskopu Andor Revolution DSD2:
- Bezprostřední a rychlé přepínání mezi widefield a konfokální mikroskopií
- Vysoká rychlost konfokálního snímání – 22 fps (928 × 2048 pixelů)
- Zdroj světla LED (Laser free) s rozsahem 370–700 nm
- Kompatibilní s většinou mikroskopů, makroskopů a stereomikroskopů od předních světových výrobců
- Součástí jsou extrémně senzitivní a rychlé sCMOS kamery Andor Zyla
Zdroj zprávy: „Dresden Ovary Table.“ Accessed November 28, 2016 tomancak-srv1.mpi-cbg.de
Zdroj zprávy: Jambor, Helena, Vineeth Surendranath, Alex T Kalinka, Pavel Mejstrik, Stephan Saalfeld, and Pavel Tomancak. „Systematic Imaging Reveals Features and Changing Localization of mRNAs in Drosophila Development.“ eLife 4. Accessed November 28, 2016. doi:10.7554/eLife.05003
